Un meteorito del espacio exterior se estrellará en la Tierra, en una gran zona de hielo. El Professor Lund y sus compañeros (incluyendo su hijo, Tory) saben que deben observar y estudiar los Pokémon en las zonas de hielo cuando el catastrófico meteoro se estrelle finalmente. De este desastre emerge un nuevo Pokémon, Deoxys. Pero, apenas hace su aparición, entra en batalla con otro Pokémon, Rayquaza, y el Professor Lund y Tory quedan atrapados en esta batalla climática entre estos dos titanes.
