Ninja Assassin narra la historia de Raizo (Rain), uno de los mejores asesinos del mundo. Raizo es un niño de la calle transformado en una máquina entrenada por el Clan Ozunu, una sociedad secreta la cual se cree que es un mito. El asesinato de uno de los amigos de Raizo por el mismo Clan hace que él huya y desaparezca. Ahora el espera el momento indicado para la venganza. En Berlin, la agente de Europol Mika Coretti (Naomie Harris) ha chocado con una pista que demuestra que asesinatos políticos
